房屋买卖补充协议有法律效力，一般来说房屋买卖合同的履行周期比较长，经常会遇到新的情况，比如遇到政策性调整，或者贷款审批延迟，导致无法按照主合同约定继续履行的，则需要双方本着平等协商，诚实信用原则进一步协商，除了最初约定的房屋买卖合同以外，还需要针对具体的情况签订补充协议。
补充协议和主合同具有同等法律效力。与主合同不一致的地方，一般以补充协议为准。房屋买卖补充协议是否有效，首先要看主合同是否有效。如果主合同无效，签订的房屋买卖补充协议也无效;如果主合同有效，补充协议的内容不违反法律、法规的强制性规定的，补充协议有效。
1、公摊面积误差处理
一般情况下规定，误差在3%范围内。超出或小于3%的比例，有购房者补交房款或退房或开发商退还部分房款等几种方式，具体就要看补充协议的具体规定。
2、装修标准
装修的房屋，在购房合同中对装修材料一般使用“高档、进口或同档次”等不明确词语，而在补充协议中，最好对具体装修材料的品牌、规格型号、颜色等具体内容进行约定。
3、付款方式变更
许多购房人在购房款支付方式上选择银行按揭，购房人在签署《商品房买卖合同》时，已经支付了购房首付款，如果银行贷款不能获得批准通过，应当在补充协议中明确其他处理方式。
4、权属证书办理期限
权属证书办理期限不能按期办理权属证书的违约责任和违约责任的计算方式。
5、保修、维修责任
房屋交付使用时，配套的设施和设备产品已经安装完毕，保修期已经过了好几个月，应当和开发商约定保修期的起算日期和维修的时限。
6、广告和宣传内容
对影响购房人购房要求的广告宣传或承诺内容，应当以补充协议的方式在合同中固定下来，并约定明确的违约责任。
